Το Υπουργείο Υγείας έχει ως αποστολή την προάσπιση, προστασία και προαγωγή της υγείας του πληθυσμού, μέσω του προγραμματισμού και της υλοποίησης πολιτικών Δημόσιας Υγείας, της διασφάλισης της καθολικής και ισότιμης πρόσβασης στην παροχή ποιοτικά και ποσοτικά επαρκών υπηρεσιών υγειονομικής φροντίδας από το Εθνικό Σύστημα Υγείας, καθώς επίσης και τη ρύθμιση της λειτουργίας και την άσκηση εποπτείας στους Φορείς υγειονομικής φροντίδας του ιδιωτικού τομέα.

Για την εκπλήρωση της αποστολής του Υπουργείου Υγείας η Κεντρική Υπηρεσία είναι αρμόδια ιδιαίτερα για:
1. Την εισήγηση στην Κυβέρνηση των μέτρων για την εκπλήρωση της αποστολής του Υπουργείου.
2. Την ενημέρωση των μελών της Βουλής των Ελλήνων.
3. Την εκπροσώπηση της Ελλάδας στην Ευρωπαϊκή Ένωση, σε αλλοδαπά Κράτη, σε Διεθνείς Οργανισμούς και λοιπές Οργανώσεις, ημεδαπές ή αλλοδαπές, με σκοπό την εκπλήρωση της αποστολής του Υπουργείου.
4. Τη συνεργασία με τα λοιπά Υπουργεία, Δημόσιες Υπηρεσίες και Οργανισμούς, με σκοπό την εκπλήρωση
της αποστολής του Υπουργείου.